Cuando el Capitán Markan se dio cuenta de que la Tierra estaba perdiendo la guerra contra los Znu, ya era demasiado tarde. El escudo de la Tierra cayó y los Znu calcinaron la superficie hasta convertirla en un páramo irradiado. Desesperada y por la supervivencia de la especie, envió la enorme nave terrestre a un viaje de una década al espacio inexplorado. Su destino eran los confines de la galaxia, donde existía la posibilidad de afianzarse y volver a crecer en fuerza, y quizás encontrar nuevos aliados para la lucha contra los imperios Znu y Decima. Al enterarse de este plan, los grandes imperios enviaron sus propias naves, siguiendo a la Tierra hasta el límite, decididos a reclamar su propio derecho y ganar la guerra por la franja.
En Empires of the Void II, cada jugador ha recibido el mando de una misión de un imperio alienígena para establecer un punto de apoyo en la franja de la galaxia. El juego comienza cuando sus enormes naves espaciales llegan a la franja, donde deben explorar, hacer la guerra, utilizar la diplomacia y construir edificios para conseguir la victoria. La franja está escasamente poblada, y muchas de las especies sintientes aquí están luchando por sobrevivir, dejando enormes regiones de planetas abiertas para la exploración y la colonización. Muchas especies están deseando aliarse con un imperio poderoso para obtener seguridad y estabilidad en una época caótica y difícil.