Reef Encounter trata de la vida en un arrecife de coral. Utilizando fichas de pólipos, los jugadores cultivan diferentes tipos de corales, que pueden proteger del ataque de otros corales mediante la colocación juiciosa de sus cuatro camarones de madera. Para tener éxito, los jugadores deben consumir pólipos de los corales vecinos para conseguir las fichas de pólipos "consumidos", que son la clave del juego. Las fichas de pólipos consumidos tienen un sinfín de usos: el más importante es que pueden utilizarse para voltear o bloquear las fichas de coral, que determinan los valores respectivos de los diferentes tipos de coral al final de la partida.